Jednou z oblastí, ktoré sa v podstatnej miere zmenili od 1. 1. 2008 zavedením novej metodiky účtovníctva pre rozpočtové a príspevkové organizácie a obce, je oblasť účtovania transferov (dotácií a príspevkov). Pod pojmom transfer sa v novej metodike chápu finančné (poskytnutie peňažných prostriedkov) aj nefinančné (možnosť čerpania z výdavkového účtu v Štátnej pokladnici rozpočtovými organizáciami štátu) vzťahy v rámci verejnej správy. Zásadným rozdielom v tejto oblasti je, že rozpočtové organizácie štátu aj samosprávy účtujú o spotrebe rozpočtových prostriedkov v rámci svojho rozpočtového limitu a o výnosoch z tohto transferu.
Vo všeobecnosti platí, že ten, kto poskytne transfer (dotáciu alebo príspevok), má náklad. Ten, komu sa transfer (dotácia alebo príspevok) poskytol, účtuje do doby použitia transferu ako záväzok voči tomu, kto transfer poskytol. Pri použití bežného transferu a pri vzniku nákladov z dlhodobého majetku nakúpeného z transferu (odpisy, tvorba opravných položiek, zostatková cena pri likvidácii, predaji, manku alebo škode) sa účtuje o výnosoch. Kapitálové transfery sa časovo rozlišujú aj u príjemcu (stále časovo rozlíšený výnos) aj u poskytovateľa (časovo rozlíšený náklad – len v prípade, ak sa poskytuje organizácii vo svojej zriaďovateľskej pôsobnosti). V prípade poskytnutia transferov zo štátneho rozpočtu je poskytovateľom dotácií štát, ktorého reprezentuje Ministerstvo financií SR a nie správca kapitoly, cez ktorú bola dotácia poskytnutá. Kapitola štátneho rozpočtu nie je účtovná jednotka v zmysle zákona o účtovníctve, preto o poskytnutých transferoch účtuje správca kapitoly a v mene štátu účtuje o nákladoch na poskytnuté transfery v rámci štátneho rozpočtu Ministerstvo financií SR. Obce a vyššie územné celky majú jednoduchšiu štruktúru a náklady na poskytnuté transfery sa účtujú v obci alebo na úrade samosprávneho kraja v prípade, ak bol transfer poskytnutý z rozpočtu obce alebo vyššieho územného celku.
Je potrebné sledovať viac dimenzií transferov. Okrem toho, že sa transfery rozdeľujú na bežné a kapitálové, môžu byť ešte členené podľa zdroja na transfery od zriaďovateľa alebo od iných subjektov. Od iných subjektov môžu byť transfery v rámci verejnej správy a mimo nej. Ďalším dôležitým hľadiskom, od ktorého závisí účtovanie, je, či sú prostriedky účelovo určené alebo nie sú.
Zdroj prostriedkov sa chápe v užšom ponímaní, čiže ak sa transfer poskytuje zo štátneho rozpočtu cez rozpočtovú kapitolu alebo obec, či VÚC, tak sú to prostriedky štátu a o ich spotrebe sa účtuje na MF SR. Ak obecnej rozpočtovej organizácii je poskytnutý takýto transfer, uvádza sa ako transfer zo štátu, aj keď bol poskytnutý prostredníctvom obce. Podobne je to aj v prípade prostriedkov EÚ, ktoré sú prostriedkami od iných subjektov mimo verejnej správy, aj keď sú poskytované štátnymi orgánmi Slovenskej republiky. Ak sa tieto prostriedky zapájajú do rozpočtu na Ministerstve financií SR (napríklad prostriedky štrukturálnych fondov EÚ) a navyšujú rozpočet niektorej z kapitol štátneho rozpočtu, tak sú z hľadiska účtovníctva považované za prostriedky štátneho rozpočtu. Organizácia (správca kapitoly, obec, VÚC) o transferoch, ktoré dostáva a poskytuje, ďalej účtuje ako o záväzku voči tomu, kto transfer poskytol a ako o pohľadávke voči organizáciám, ktorým poskytla transfer ďalej.
Príklad:
Z rozpočtu Ministerstva zdravotníctva SR je poskytnutý príspevok na obstaranie zdravotníckej techniky pre obecnú príspevkovú organizáciu – zdravotnícke zariadenie, prostredníctvom obce. Účtovanie bude nasledovné:
- MF SF (štát) poskytne rozpočtové prostriedky do kapitoly MZ SR. Zaúčtuje sa náklad časovo nerozlíšený, pretože sa poskytuje transfer mimo štátnej správy;
- MZ SR neúčtuje náklad ani výnos, pretože poskytuje transfer ďalej (samo ho nespotrebúva) – účtuje záväzok voči štátu a pohľadávku voči obci;
- obec podobne ako MZ SR neúčtuje náklad ani výnos – účtuje záväzok voči MZ SR a pohľadávku voči obecnej príspevkovej organizácii, ktorej poskytla transfer;
- obecná príspevková organizácia účtuje časovo rozlíšený výnos – do výnosov rozpúšťa čiastku zodpovedajúcu nákladom na odpisy dlhodobého majetku obstaraného z tohto kapitálového transferu, resp. na opravné položky.