Ročné zúčtovanie zdravotného poistenia je upravené v § 19 zákona č. 580/2004 Z. z. o zdravotnom poistení a vo vyhláške č. 130/2012 Z. z. o podrobnostiach o vykazovaní preddavkov na poistné na verejné zdravotné poistenie, o platení preddavkov na poistné na verejné zdravotné poistenie, preplatkov a nedoplatkov, o ročnom zúčtovaní poistného a povinnostiach pri ročnom zúčtovaní poistného a o vzore ročného zúčtovania poistného na verejné zdravotné poistenie.

Za rok 2012 musí zdravotná poisťovňa vykonať ročné zúčtovanie poistného za tieto osoby: 

• zamestnanca, ak jeho príjem v niektorom mesiaci presiahol trojnásobok priemernej mesačnej mzdy (2 307 EUR); 
• zamestnanca, ak jeho príjem vo všetkých mesiacoch, keď bol zamestnancom u jedného zamestnávateľa, presiahol trojnásobok priemernej mesačnej mzdy  (2 307 EUR), ale nebol zamestnancom celých 12 mesiacov; 
• zamestnanca, ktorý mal niekoľkých zamestnávateľov a jeho príjmy vo všetkých mesiacoch u všetkých zamestnávateľov nepresiahli trojnásobok priemernej mesačnej mzdy (2 307 EUR) a zároveň mal aj príjmy podľa § 10b ods. 1 písm. c) až e) zákona (kapitálové príjmy, ostatné príjmy, príjmy z dividend);
• zamestnanca, ktorý mal počas roka súbežne alebo postupne viac zamestnávateľov, u každého jednotlivo jeho príjmy nepresiahli za mesiac trojnásobok priemernej mesačnej mzdy (2 307 EUR), ale súčet jeho príjmov od všetkých zamestnávateľov bol vyšší ako maximálny vymeriavací základ (2 307 EUR) a zároveň mal aj príjmy  podľa § 10b ods. 1 písm. c) až e) zákona (kapitálové príjmy, ostatné príjmy, príjmy z dividend);
• zamestnanca, ktorý mal niekoľkých zamestnávateľov a jeho príjmy vo všetkých mesiacoch u všetkých zamestnávateľov nepresiahli trojnásobok priemernej mesačnej mzdy (2 307 EUR) a zároveň nemal príjmy podľa § 10b ods. 1 písm. c) až e) zákona (kapitálové príjmy, ostatné príjmy, príjmy z dividend);
• zamestnanca, ktorý mal počas roka súbežne alebo postupne viac zamestnávateľov, u každého jednotlivo jeho príjmy nepresiahli za mesiac trojnásobok priemernej mesačnej mzdy, ale súčet jeho príjmov od všetkých zamestnávateľov bol vyšší ako maximálny vymeriavací základ (2 307 EUR) a zároveň nemal príjmy podľa § 10b ods. 1 písm. c) až e) zákona (kapitálové príjmy, ostatné príjmy, príjmy z dividend);
• zamestnanca, ktorý mal niekoľkých zamestnávateľov a jeho príjmy vo všetkých mesiacoch u všetkých zamestnávateľov presiahli trojnásobok priemernej mesačnej mzdy (2 307 EUR ) a zároveň nemal príjmy podľa § 10b ods. 1 písm. c) až e) zákona (kapitálové príjmy, ostatné príjmy, príjmy z dividend) a časť roka bol zdravotnej poistený v cudzine, kde vykonával zárobkovú činnosť;
• samostatne zárobkovo činnú osobu (ak takáto osoba nepodávala daňové priznanie z dôvodu, že jej táto povinnosť nevznikla, jej vymeriavací základ bude nula eur);
• samoplatiteľa, ak jeho príjem presiahol úhrn minimálnych vymeriavacích základov (339,89 EUR/mesiac);
• poistenca, ktorý počas roka bol časť roka zdravotne poistený v cudzine, kde vykonával zárobkovú činnosť, a časť roka bol verejne zdravotne poistený v Slovenskej republike a mal príjmy zo zárobkovej činnosti podľa § 10b ods. 1 zákona (príjmy zo závislej činnosti, z podnikania, kapitálové príjmy, ostatné príjmy a dividendy) a zároveň splnil aspoň jednu z podmienok na vykonanie ročného zúčtovania poistného;
• zamestnanca, samostatne zárobkovo činnú osobu alebo poistenca štátu, ktorý mal vymeriavací základ podľa § 13 ods. 6 zákona (príjem z dividend) vyšší ako minimálny základ podľa § 13 ods. 10 zákona (339,89 EUR);
• zamestnanca, samostatne zárobkovo činnú osobu alebo poistenca štátu, ktorý mal vymeriavací základ podľa § 13 ods. 7 zákona (kapitálové a ostatné príjmy);
• poistenca štátu, ktorý mal príjmy zo zárobkovej činnosti podľa § 10b ods. 1 zákona a ak splnil aspoň jednu podmienku na vykonanie ročného zúčtovania poistného;
• poistenca, ktorý mal súbehy jednotlivých zárobkových činností podľa § 10b ods. 1 zákona;
• poistenca, ktorý sa stal počas roka osobou so zdravotným postihnutím a splnil aspoň jednu z podmienok na vykonanie ročného zúčtovania uvedených vyššie.

Ako vyplýva z hore uvedeného, zamestnancovi môže nedoplatok poistného vzniknúť napríklad

•  ak mal v zamestnaní tzv. kolísavé príjmy, t. j. príjmy iba v niektorých mesiacoch roku 2012 presiahli sumu 2 307 eur,
• ak zamestnancovi príjmy vo všetkých mesiacoch u jedného zamestnávateľa presiahli sumu 2 307 eur za mesiac, ale nebol v roku 2012 zamestnancom počas 12 kalendárnych mesiacov,
• ak mal zamestnanec popri príjme zo zamestnania napríklad kapitálové príjmy (výnosy zo zmeniek, poskytnutých úverov) alebo ostatné príjmy (príjmy z predaja nehnuteľností, príjmy z výhier, príjmy z príležitostných činností).

Postup výpočtu ročného zúčtovania je upravený v § 5 vyhlášky č. 130/2012 Z. z. o podrobnostiach o vykazovaní preddavkov na poistné na verejné zdravotné poistenie, o platení preddavkov na poistné na verejné zdravotné poistenie, preplatkov a nedoplatkov, o ročnom zúčtovaní poistného a povinnostiach pri ročnom zúčtovaní poistného a o vzore ročného zúčtovania poistného na verejné zdravotné poistenie a taktiež sa výpočet ročného zúčtovania môže overiť v príslušnej zdravotnej poisťovni.