Od roku 2013 nastala zmena v zdaňovaní výnosov z dlhopisov a pokladničných poukážok v neziskových organizáciách, teda aj v rozpočtových a príspevkových organizáciách. Podľa § 43 ods. 3 písm. i) ZDP výnosy z dlhopisov a pokladničných poukážokpodliehajú zrážkovej dani, pričom platiteľom zrážkovej dane je samotný príjemca týchto výnosov – teda aj rozpočtová alebo príspevková organizácia.
Od roku 2013 podľa § 43 ods. 3 písm. l) ZDP podlieha zrážkovej dani v neziskových organizáciách aj výnos z predaja dlhopisov a pokladničných poukážok samotným príjemcom. Daňovník a súčasne aj platiteľ dane v jednej osobe má z titulu takto dosiahnutých príjmov aj oznamovaciu povinnosť o vykonaní zrážkovej dane od 1. 1. 2014, a to v lehote do konca kalendárneho mesiaca po skončení zdaňovacieho obdobia (teda do 31. 1. 2018 po skončení zdaňovacieho obdobia 2017).

Od 1. 1. 2016 novelou ZDP č. 253/2015 Z. z., ktorou sa mení a dopĺňa zákon o dani z príjmov v znení neskorších predpisov, podliehajú zrážkovej dani u príjemcu – neziskovej organizácie, aj výnosy z dlhopisov a pokladničných poukážok a výnosy z predaja dlhopisov a pokladničných poukážok ...