Časté legislatívne zmeny v oblasti zdaňovania rozpočtových organizácií v posledných rokoch priniesli mierny chaos v tejto problematike. Do konca roku 2010 mali rozpočtové organizácie zriadené obcou alebo vyšším územným celkom (ďalej len „VÚC“) príjmy z nájomného a predaja majetku oslobodené od dane, pokiaľ boli zahrnuté v rozpočte od zriaďovateľa. Od 1. 1. 2011 z dôvodu zmeny v § 13 zákona č. 595/2003 Z. z. o dani z príjmov v znení neskorších predpisov (ďalej len „ZDP“) zdaneniu podliehali príjmy z predaja majetku. Od 1. 1. 2013 sa opätovne vrátilo ustanovenie § 13 ods. 1 písm. b) ZDP do pôvodného znenia a príjmy z predaja majetku sú opäť oslobodené od dane. Uvedený stav platil aj so spätnou účinnosťou za zdaňovacie obdobie roku 2012. Zdaneniu teda podliehali príjmy z predaja majetku v rozpočtových organizáciách iba v zdaňovacom období roku 2011. V príspevkových organizáciách bez ohľadu na osobu zriaďovateľa sú uvedené príjmy predmetom zdanenia už od r. 2004, kedy nadobudol účinnosť ZDP.

Uvedené legislatívne zmeny majú vplyv na podávanie daňových priznaní (ďalej len „DP“), pretože platný ZDP v § 41 ods. 1 podmieňuje povinnosť podať DP u týchto typov organizácií špecifikáciou jednotlivých druhov príjmov. Vymedzuje príjmy, pri dosiahnutí ktorých nevzniká povinnosť podať DP. Naďalej teda pre rok 2013 platí, že rozpočtové a príspevkové organizácie zriadené obcou alebo VÚC ako typ organizácií nezriadených alebo nezaložených na podnikanie (§ 12 ods. 3 ZDP) nemusia podať daňové priznanie, len ak v priebehu príslušného zdaňovacieho obdobia, za ktoré podávajú DP, dosiahli tieto dva druhy príjmov:

1. príjmy oslobodené od dane,
2. príjmy vyberané zrážkou podľa § 43 ZDP.

1. Príjmy oslobodené od dane – § 13 a § 52 ZDP

Prvým okruhom príjmov oslobodených od dane, uvedeným v § 13 ods. 1 písm. a) ZDP (ktorý je spoločný pre všetky organizácie nezriadené alebo nezaložené na podnikanie, teda aj pre všetky rozpočtové a príspevkové organizácie) sú príjmy plynúce z činnosti, na ktorej účel títo daňovníci vznikli alebo ktorá je ich základnou činnosťou vymedzenou osobitným predpisom okrem príjmov z činností, ktoré sú podnikaním, a príjmov, z ktorých sa daň vyberá zrážkou podľa § 43 ZDP. Pre posúdenie oslobodených príjmov takéhoto charakteru je dôležité, aby činnosti, na ktoré boli takéto organizácie zriadené, boli uvedené v zriaďovacej listine, resp. v stanovách alebo zakladateľských listinách. Na druhej strane, ak v zriaďovacej, resp. zakladateľskej listine alebo stanovách sú uvedené príjmy, ktoré sú taxatívne vymenované v § 12 ods. 2 ZDP ako príjmy, ktoré sú predmetom dane (sú to príjmy z nájomného, z predaja majetku, z reklamy, z členských príspevkov, príjmy vyberané zrážkou a príjmy z činností, ktorými dosahujú zisk), aj napriek skutočnosti, že sú uvedené v zriaďovacej listine, podliehajú zdaneniu s výnimkou, ak ich platný ZDP neoslobodzuje v ďalších ustanoveniach uvedených v § 13.

Druhým príjmom oslobodeným od dane, ktorý je však špecificky definovaný v ZDP len pre rozpočtové organizácie zriadené obcou alebo VÚC podľa § 13 ods. 1 písm. b) ZDP, je príjem z nájomného, ak je zahrnutý v rozpočte od zriaďovateľa. V príspevkových organizáciách bez ohľadu na osobu zriaďovateľa uvedený príjem podlieha zdaneniu.

Tretím príjmom oslobodeným od dane len v rozpočtových organizáciách zriadených obcou alebo VÚC je príjem z predaja majetku podľa § 13 ods. 1 písm. b) ZDP. Posudzuje sa rovnako ako príjem z nájomného, teda ak je súčasťou rozpočtu od zriaďovateľa, je oslobodený od dane. ...