Niektoré neziskové účtovné jednotky si na zabezpečenie svojej činnosti v rámci Slovenska vytvárajú organizačné jednotky – pobočky, ktoré sa nachádzajú v rôznych mestách a obciach. Pri vzniku takejto organizácie je potrebné, aby bolo ustanovené v stanovách, zakladacej listine alebo inom dokumente, podľa ktorého sa bude riadiť, akým spôsobom budú fungovať uvedené organizačné jednotky, či budú samostatnými právnickými osobami alebo budú podriadené centrále, ktorá im deleguje iba niektoré právomoci. Od vzájomného vzťahu centrály a organizačných jednotiek sa odvíja aj účtovanie v týchto organizáciách a zostavovanie účtovnej závierky.

Príklad z praxe:

Nezisková organizácia – zväz, má osem klubov po celom Slovensku. Centrála je v Bratislave. Vedie podvojné účtovníctvo. Ako sa účtuje v neziskovej organizácii, zväze, ktorý má viacero klubov, v sústave podvojného účtovníctva? Chápe sa forma neziskovej organizácie, ktorá má viacero klubov, v rámci podvojného účtovníctva ako jedna účtovná jednotka? Zväz je platiteľom DPH.