Pri účtovaní transferov nie je veľký rozdiel medzi rozpočtovými a príspevkovými organizáciami samospráv. Jediný rozdiel medzi účtovaním v rozpočtovej a príspevkovej organizácii zriadenej samosprávou je v bankovom účte, na ktorý transfer dostávajú a z ktorého hradia výdavky.

Príspevková organizácia zriadená samo­správou podobne ako príspevková organizácia obce používa účet 221 – Bankové účty. Rozpočtová organizácia zriadená samosprávou prijíma transfery a následne účtuje o výdavkoch z účtu 222 – Výdavkový rozpočtový účet.